Der Legende zufolge wurde an der Stelle, an der heute Cork steht, vom Hl. Finbar ein Kloster errichtet. Im 8. Jh. siedelten die Wikinger hier und errichteten hier ein Handelszentrum und gründeten praktisch damit die Stadt Cork. Seit dem 12. Jh. war die Stadt im Besitz der Normannen.
Erstmalig erhielt Cork Stadtrechte im 12. Jh. durch den König von England. Die Bindung zu England war immer sehr stark, denn die Stadt war immer unter englischer Herrschaft, was sich vor allem auf die Bevölkerung der Stadt Cork durch viele Repressalien und Entbehrungen auswirkte. Eines der Wahrzeichen, der Red Abbey Tower gehörte einst zu einem Augustinerkoster, das im 13. Jh. gegründet wurde und somit den Kreis zu St. Finbar schloss.
Die Stadt Cork war immer in Kriege der Engländer verwickelt. Zum einen ging der Rosenkrieg nicht spurlos an der Stadt vorbei. Der Gegner des damaligen Königs holte sich Unterstützung aus der Stadt, was ihr bald den Namen der “Rebel City” eintrug. Auch später, bei den Kriegen des Hauses Tudor, spielte Cork ebenfalls wieder eine wichtige Rolle, so zum Beispiel bei den Religionskriegen. Zwar stand Cork teilweise auf der Seite Oliver Cromwells, später jedoch kämpfte die Stadt gegen die Engländer und wurde vom Earl von Marlboro völlig überrannt und sehr schnell eingenommen.
Wie in allen Städten Irlands kam es auch in Cork durch die englischen Besatzer zu großer Armut und großen Hungersnöten. Diese Faktoren spielten wahrscheinlich eine große Rolle dabei, dass viele Iren aus Cork nach Amerika auswanderten. Tatsächlich haben viele Amerikaner heute noch Vorfahren aus Cork. Die meisten Iren bestiegen die Schiffe nach Amerika von der nahegelegenen Hafenstadt Cobh aus.
Im 19. Jh. war Cork wieder Schauplatz erbitterter Kämpfe und eine Hochburg des Widerstands gegen die englischen Besatzer. Diesmal jedoch kämpften die Partisanen und Nationalisten gemeinsam gegen den gemeinsamen Feind, das englische Heer. Diese zentrale Stellung war es auch, die die britische Regierung dazu veranlasste, im Jahre 1920 als Angriff auf die IRA das Stadtzentrum von Cork niederzubrennen, wobei mehrere hundert historischer Gebäude zerstört wurden. Diese Unruhen endeten mit einem Waffenstillstand im Jahre 1923, heute hat die Partei Sinn Fein kaum noch Einfluss auf die Geschicke der Stadt